Istotną część zadań Agencji Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji stanowią oceny leków. Wydawane rekomendacje/stanowiska i opinie w większości dotyczą produktów leczniczych. Technologie lekowe oceniane są w Agencji na wniosek Ministra Zdrowia.
Wytyczne oceny produktów leczniczych (wersja 3.0) wskazują w jaki sposób powinna odbywać się ocena leku:
- co powinny zawierać poszczególne analizy oraz
- w jaki sposób powinny być przygotowane.
Dzięki wytycznym jakość analiz jest wysoka, a proces refundacyjny ujednolicony dla wszystkich leków. Finalnie, przeprowadzona ocena produktu leczniczego jest wiarygodna.